张锋最新Science论文:发现新的基因编辑工具,还用上了AI大语言模型

生物制品圈

4周前

他的团队此前曾将细菌CRISPR系统改造成基因编辑工具,彻底改变了现代生物学的研究方式。...它们的平均大小仅为Cas9的四分之一,这使得它们在治疗应用中更易于递送,从而克服了基因编辑工具在临床应用中的一大障碍。

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导读

在基因编辑领域,科学家一直在寻找更高效、更灵活的工具。

近日,华人明星科学家张锋及其团队有了最新发现,他们通过深入挖掘自然的多样性,发现了新的基因编辑系统—TIGR系统。

这一发现有望为基因编辑工具箱增添新的工具利器,并简化基因编辑疗法的递送。

2月27日,张锋及其团队在Science杂志上发表了最新研究成果,发现了一种古老的向导RNA——TIGR系统。

TIGR(Tandem Interspaced Guide RNA)系统是一种古老的RNA引导系统,该系统利用RNA引导蛋白质定位到DNA的特定位置,并能够重新编程以靶向任何感兴趣的DNA序列。

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TIGR系统的独特优势

与CRISPR等其他RNA引导系统相比,TIGR系统不仅模块化程度高,而且结构紧凑,这在治疗应用中具有显著优势。

TIGR系统的核心在于其模块化设计。研究人员发现,TIGR相关蛋白(Tas蛋白)具有一个共同的RNA结合组件,能够与RNA引导序列相互作用,从而精准定位到基因组中的特定位置,一些Tas蛋白还包含一个DNA切割模块,可以在目标位置切割DNA。

这种模块化设计为工具开发提供了便利,研究人员可以通过替换或添加功能模块来优化天然Tas蛋白的功能。

“这是一个非常多功能且灵活的RNA引导系统,”张锋表示。

张锋教授是麦戈文研究所和霍华德·休斯医学研究所的研究员,同时也是博德研究所的核心成员。他的团队此前曾将细菌CRISPR系统改造成基因编辑工具,彻底改变了现代生物学的研究方式。

此次发现的TIGR系统,则是他们在自然多样性中探索的又一重要成果。

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从CRISPR到TIGR:挖掘自然多样性的力量

为了寻找新型可编程系统,研究团队从CRISPR-Cas9蛋白的结构特征入手,重点关注其与RNA引导序列结合的部分。    

这一特征是Cas9成为强大工具的关键。“RNA引导的特性使其易于重新编程,因为我们知道RNA如何与DNA或其他RNA结合。”张锋说道。

研究团队通过分析数亿个已知或预测结构的生物蛋白质,寻找与Cas9具有相似结构域的蛋白质。为了发现更多远缘相关的蛋白质,他们采用了迭代搜索策略,从Cas9出发,发现了一种名为IS110的蛋白质,随后进一步聚焦于其RNA结合的结构特征,并重复搜索过程。

最终,他们利用人工智能技术对搜索结果进行分类,发现了TIGR-Tas系统。张锋实验室的计算生物学家Guilhem Faure解释道:“在进行迭代式深度挖掘时,所得结果可能极为多样,使用依赖于保守序列的标准系统发育方法难以分析。”利用蛋白质大型语言模型,研究团队能够根据可能的进化关系将他们发现的蛋白质聚类成组。其中一组与其他组截然不同,其成员尤为引人注目,因为它们由具有规则间隔重复序列的基因编码,这些序列让人联想到CRISPR系统的一个关键组成部分。这些就是TIGR-Tas系统。

张锋及其团队对数十种Tas蛋白进行了实验,证明其中一些可以被编程来在人类细胞中对DNA进行靶向切割。在考虑将TIGR-Tas系统开发为可编程工具时,这些特征让研究人员备受鼓舞,这些特征可能使这些工具更加灵活和精确。

张锋表示:“大自然拥有惊人的多样性,我们一直在探索这种多样性,以发现新的生物机制,并将其应用于操控生物过程的不同场景中。”

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TIGR-Tas系统的潜力与应用前景

此项研究,科研人员发现了超过20000种不同的Tas蛋白,这些蛋白主要存在于感染细菌的病毒中。每个基因的重复区域(TIGR阵列)编码的RNA引导序列与蛋白质的RNA结合部分相互作用。一些Tas蛋白的RNA结合区域与DNA切割模块相邻,而另一些则可能通过结合其他蛋白质来引导它们靶向DNA。   

实验表明,部分Tas蛋白可以在人类细胞中对DNA进行靶向切割。与CRISPR系统不同,TIGR-Tas蛋白不需要特定的PAM(protospacer adjacent motifs)序列来定位目标DNA。

理论上,基因组中的任何位点都可以成为靶点。此外,TIGR系统具有“双引导系统”,能够与DNA双螺旋的两条链相互作用,确保其仅在RNA引导的特定位置发挥作用。

Tas蛋白的紧凑结构也是其一大优势。它们的平均大小仅为Cas9的四分之一,这使得它们在治疗应用中更易于递送,从而克服了基因编辑工具在临床应用中的一大障碍。

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未来研究方向

目前,张锋团队正在研究TIGR系统在病毒中的自然功能,并探索其在研究和治疗中的应用潜力。他们已经确定了一种在人类细胞中起作用的Tas蛋白的分子结构,并将利用这些信息进一步提高其效率。

此外,他们还发现TIGR-Tas系统与人类细胞中的某些RNA加工蛋白之间存在联系。“我认为这些关系值得进一步研究,这可能帮助我们更好地理解这些系统在人类细胞中的作用。”张锋表示。

TIGR系统的发现不仅为基因编辑领域带来了新的工具,也为未来的基因治疗提供了更多可能性。

随着研究的深入,这一古老而强大的RNA引导系统有望在医学和生物学领域发挥更大的价值。

参考资料

An ancient RNA-guided system could simplify delivery of gene editing therapies

https://news.mit.edu/2025/ancient-rna-guided-system-could-simplify-delivery-gene-editing-therapies-0227

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