实时荧光RPA微流控核酸扩增芯片实现对虾病原微生物的多重检测

MEMS

2周前

宁波大学周前进副教授和陈炯研究员研究团队在高水平期刊Aquaculture上发表了最新研究成果,利用一种集成实时荧光重组酶聚合酶扩增(RPA)技术的离心式微流控芯片完成试剂和DNA混合液的自动化简单注射和同时检测,该芯片可同时实现四个样品6个目标基因的检测。
研究表明,病原微生物对全球虾的产量构成重大威胁,常导致各大洲的产量普遍下降。因此虾的病原微生物检测技术成为研究热点。聚合酶链反应(PCR)是疾病诊断的首选,但PCR运用于大通量样品检测费时费力,其复杂的热循环程序,难以应用于低成本、易操作的现场即时检测(POCT)。为了克服这些问题,研究者们已经尝试了许多方法,例如多重PCR技术和微流控芯片。其中微流体芯片能够实现“一个样品进入,多个结果输出”,简化了平行测试的重复操作过程。结合环介导等温扩增技术(LAMP)的芯片已被开发用于病原体的平行检测。但是其引物的复杂组成和设计,限制了其在微流控芯片上的应用。相比之下,重组酶聚合酶扩增(RPA)技术不仅温度要求低(37-42 ℃),且其引物设计简单,反应时间短(< 20分钟)。这使得RPA集成微流控芯片成为POCT的理想方法。

宁波大学周前进副教授和陈炯研究员研究团队在高水平期刊Aquaculture上发表了最新研究成果,利用一种集成实时荧光重组酶聚合酶扩增(RPA)技术的离心式微流控芯片完成试剂和DNA混合液的自动化简单注射和同时检测,该芯片可同时实现四个样品6个目标基因的检测。

图1:(A)盘式微流控芯片的结构。1:反应室;2:球阀;3:排气口;4:样品室。(B) 分解视图。5:热封膜;6:芯片基板。

圆盘型多样品(多路样品)微流体芯片(MSMC),测量直径为81 mm,厚度为2.5 mm(图1A)。MSMC的材料是PMMA(聚甲基丙烯酸甲酯;有机玻璃)。由微注塑成型的芯片基板和热封膜组成,它们连接在一起以创建集成的密封室和通道(图1B)。MSMC被划分为四个独立的扇区,每个扇区包含两个相同的单元。每个单元配备有一个样品孔、一个排气口、四个球阀和四个反应室(图1A)。每个反应室的体积为5 μL。

图2:(C) 一个扇区中六套引物的详细结构

在这项研究中,扇区被用作分组单元,用于在芯片上分配引物。在每个扇区内,将用于检测五种虾病原体(VAHPND、WSSV、IHHNV、SHIV和EHP)的六组引物预先固定到不同的反应室中(图2C),从而形成“一个单元一个样品”的形式。这种设计使四个样品能够在单个芯片上同时分析。在使用热封膜进行芯片键合之前,先将每组引物预先固定在反应室中,包括内部阳性对照(PC)和阴性对照(NC)两者以确保试剂和芯片运行的可靠性(图2C)。

图3:(D) 芯片上RPA检测的操作流程

芯片上实时RPA测定需要使用RT-RPA Exo试剂盒。第一步使用实时RPA酶制备30 μL无引物反应混合物、17.6 μL缓冲液A、1.5 μL 280 mM乙酸镁、1.5 μL DNA模板混合物和2.8 μL探针混合物(VAHPND-PirA、VAHPND-PirB、WSSV、IHHNV、SHIV、EHP和PC的7种特异性探针)。第二步混合缓冲液和样品,再通过样品孔将反应混合物移液到一个单元中。第三步使用Parafilm密封样品孔和通风孔。最后将芯片安装在相匹配的装置上,并在39 ℃下进行反应20分钟(图3D)。结果显示为实时扩增图。

表1:芯片上RPA检测的临床灵敏度和特异性与结合DNA测序的PCR方法对比

为了评价芯片上RPA测定在检测田间样品中的性能,该研究测试了120个疑似被感染的动物样品。与结合DNA测序的PCR方法相比,芯片上RPA检验的临床灵敏度和特异性分别为96.4%和100%(表1)。这种高水平的一致性表明芯片上RPA检测应用于这些虾病原体的早期筛查和定期监测具有很大的潜力。

这种芯片可以自动化简单注射试剂和DNA的混合物来同时检测四个样品。以最小的劳动力实现了优异的临床灵敏度和特异性用于检测田间虾病原体。总体而言,该芯片上RPA检测为现场实时检测以及虾病原体的常规监测提供了一个方便可靠的工具。

论文链接:
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2023.740017

延伸阅读:《即时诊断应用的生物传感器技术及市场-2022版》
《基于拉曼光谱的血糖监测专利态势分析-2024版》
《印刷和柔性传感器技术及市场-2024版》
《可穿戴传感器技术及市场-2022版》
《给药应用的微针专利态势分析-2020版》

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研究表明,病原微生物对全球虾的产量构成重大威胁,常导致各大洲的产量普遍下降。因此虾的病原微生物检测技术成为研究热点。聚合酶链反应(PCR)是疾病诊断的首选,但PCR运用于大通量样品检测费时费力,其复杂的热循环程序,难以应用于低成本、易操作的现场即时检测(POCT)。为了克服这些问题,研究者们已经尝试了许多方法,例如多重PCR技术和微流控芯片。其中微流体芯片能够实现“一个样品进入,多个结果输出”,简化了平行测试的重复操作过程。结合环介导等温扩增技术(LAMP)的芯片已被开发用于病原体的平行检测。但是其引物的复杂组成和设计,限制了其在微流控芯片上的应用。相比之下,重组酶聚合酶扩增(RPA)技术不仅温度要求低(37-42 ℃),且其引物设计简单,反应时间短(< 20分钟)。这使得RPA集成微流控芯片成为POCT的理想方法。

宁波大学周前进副教授和陈炯研究员研究团队在高水平期刊Aquaculture上发表了最新研究成果,利用一种集成实时荧光重组酶聚合酶扩增(RPA)技术的离心式微流控芯片完成试剂和DNA混合液的自动化简单注射和同时检测,该芯片可同时实现四个样品6个目标基因的检测。

图1:(A)盘式微流控芯片的结构。1:反应室;2:球阀;3:排气口;4:样品室。(B) 分解视图。5:热封膜;6:芯片基板。

圆盘型多样品(多路样品)微流体芯片(MSMC),测量直径为81 mm,厚度为2.5 mm(图1A)。MSMC的材料是PMMA(聚甲基丙烯酸甲酯;有机玻璃)。由微注塑成型的芯片基板和热封膜组成,它们连接在一起以创建集成的密封室和通道(图1B)。MSMC被划分为四个独立的扇区,每个扇区包含两个相同的单元。每个单元配备有一个样品孔、一个排气口、四个球阀和四个反应室(图1A)。每个反应室的体积为5 μL。

图2:(C) 一个扇区中六套引物的详细结构

在这项研究中,扇区被用作分组单元,用于在芯片上分配引物。在每个扇区内,将用于检测五种虾病原体(VAHPND、WSSV、IHHNV、SHIV和EHP)的六组引物预先固定到不同的反应室中(图2C),从而形成“一个单元一个样品”的形式。这种设计使四个样品能够在单个芯片上同时分析。在使用热封膜进行芯片键合之前,先将每组引物预先固定在反应室中,包括内部阳性对照(PC)和阴性对照(NC)两者以确保试剂和芯片运行的可靠性(图2C)。

图3:(D) 芯片上RPA检测的操作流程

芯片上实时RPA测定需要使用RT-RPA Exo试剂盒。第一步使用实时RPA酶制备30 μL无引物反应混合物、17.6 μL缓冲液A、1.5 μL 280 mM乙酸镁、1.5 μL DNA模板混合物和2.8 μL探针混合物(VAHPND-PirA、VAHPND-PirB、WSSV、IHHNV、SHIV、EHP和PC的7种特异性探针)。第二步混合缓冲液和样品,再通过样品孔将反应混合物移液到一个单元中。第三步使用Parafilm密封样品孔和通风孔。最后将芯片安装在相匹配的装置上,并在39 ℃下进行反应20分钟(图3D)。结果显示为实时扩增图。

表1:芯片上RPA检测的临床灵敏度和特异性与结合DNA测序的PCR方法对比

为了评价芯片上RPA测定在检测田间样品中的性能,该研究测试了120个疑似被感染的动物样品。与结合DNA测序的PCR方法相比,芯片上RPA检验的临床灵敏度和特异性分别为96.4%和100%(表1)。这种高水平的一致性表明芯片上RPA检测应用于这些虾病原体的早期筛查和定期监测具有很大的潜力。

这种芯片可以自动化简单注射试剂和DNA的混合物来同时检测四个样品。以最小的劳动力实现了优异的临床灵敏度和特异性用于检测田间虾病原体。总体而言,该芯片上RPA检测为现场实时检测以及虾病原体的常规监测提供了一个方便可靠的工具。

论文链接:
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2023.740017

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